Накануне тюркского завоевания существовало несколько армянских феодальных государств (к 1000 г. н. э.). И в закавказской Армении находилась часть Анийского царства, а так же вассальные от него армянские царства и княжества Сюника, Ташир-Дзорагета и Хачена (Нагорный Карабах).
Армяне — древние жители территории современной Армении, а долина Аракса — центр исторической армянской государственности. Именно здесь находились столицы Великой Армении — Ервандашат, Армавир, Арташат, Вагаршапат (также являвшийся религиозным центром), Двин, — а также Ани — столица средневековой Багратидской Армении. Эти города были центрами развития древнеармянской культуры. Восточная Армения — Араратская долина с прилегающими к ней горными областями Малого Кавказа (Лори, Тавуш, Зангезур и др.) — была центром формирования армянского народа. Восточная Армения обладала культурным и языковым единством, была на тот момент мононациональным регионом.
К началу XI века в Закавказье существовало несколько грузинских и армянских царств, курдских и арабских эмиратов. Армянские государства в первой четверти XI века вступили в период высшего экономического подъёма и временной политической консолидации однако, последовало усиление процесса феодальной раздробленности. Тем временем Византия, воспользовавшись ослаблением халифата, в правление императора Василия II (976—1025) развернула экспансию на восток, от Сирии до Закавказья. Постоянной целью Византии (в период вплоть до 1064 года) стала аннексия грузинских и армянских государств. В 1021 году армянский католикос Петрос Гетадардз заключил с Василием II так называемое Трапезундское соглашение, по которому Анийское царство после смерти шаханшаха Иоаннеса-Смбата передавалось Византии. Одновременно и царь Васпуракана Сенекерим Арцруни был вынужден передать свои владения Византии — за них он получил Севастию, Лариссу и Авару и стал патрикием и стратигом Каппадокии. Вместе с ним в Каппадокию из Васпуракана переселилось 400 тыс. человек.
К 1045 году Византия завершила аннексию Анийского царства. Во второй половине XI века территория Армении подверглась нашествию турок-сельджуков. В 1072 году династия Шеддадидов получила от сельджуков в вассальное владение бывшее Анийское царство, образовав Анийский эмират. Лишь Сюник (Зангезур) и Ташир не подверглись завоеванию . Дальнейший отток армянского населения из региона был связан с татаро-монгольским нашествием, а затем с походами Тамерлана.
В течение XIII—XIV веков в Армении армянская знать постепенно вытеснялась военно-кочевой знатью — монгольской, тюркской и курдской. Под натиском кочевников армянам приходилось выбирать между истреблением, рабством и массовой эмиграцией в соседние страны. В ходе набегов уничтожались и разграблялись производительные силы и памятники материальной культуры В 1380-е годы хан Тохтамыш увёл в плен из Нагорного Карабаха и Сюника десятки тысяч армян К 1510 году иранский шах Исмаил I, основатель династии Сефевидов, разгромив Ак-Коюнлу, захватил, в числе его прочих владений, Восточную (Закавказскую) Армению. Это событие ознаменовало начало многовекового соперничества за господство в Закавказье между Османской империей и сефевидской Персией.
В середине XVI века Османская империя и Персия после 40-летней войны договорились о разделе сфер влияния. Восточные армянские земли отошли Сефевидам, западные — Османам. Это, однако, лишь на некоторое время приостановило опустошительные войны, в ходе которых обширные территории Закавказья переходили из рук в руки.
С созданием государства Сефевидов область Чухур-Саад была преобразована в беглербегство со столицей в Эривани. Исмаил I, всецело опиравшийся на поддержку верных ему кочевых тюрков-кызылбашей, назначал своими наместниками исключительно племенных вождей. Чухур-Саад, в частности, стал наследственным ульком племени Устаджлу. Власть Устаджлу и его правителей в Чухур-Сааде сохранялась вплоть до османского завоевания (конец XVI века) Изгнав османские войска в начале XVII века, персидский шах Аббас I восстановил беглербегство, и оно существовало вплоть до падения династии Афшаров. Несмотря на войны, вторжения и переселения, армяне, вполне вероятно, вплоть до XVII века, всё ещё составляли большинство населения Восточной Армении. В 1604 году Аббас I Великий применил тактику выжженной земли против армян в Араратской долине.
Значительный удар по армянскому присутствию на этой земле нанесло массовое переселение армян вглубь Персии, организованное шахом Аббасом I в 1603, — т. н. «великий сургун». Из Восточной (Закавказской) Армении были выселены свыше 250 тыс. армян. Аракел Даврижеци, автор XVII века, сообщает: "Шах Аббас не внял мольбам армян. Он призвал к себе своих нахараров и назначил из них надсмотрщиков и проводников жителей страны, с тем, чтобы каждый князь со своим войском выселил бы и изгнал население одного гавара". Город Джульфа в провинции Нахичеван был взят в самом начале нашествия. После этого армия Аббаса развернулась веером вдоль Араратской равнины. Шах следовал осторожной стратегии:наступал и отступал в зависимости от ситуации, он решил не подвергать риску свой поход в лобовых столкновениях с более сильными отрядами противника. Осаждая город Карс, он узнал о приближении большой османской армии, возглавляемой Джигазаде Синан Пашой. Был дан приказ об отводе войск. Чтобы предотвратить возможное пополнение припасов врага с этой земли, Аббас отдал приказ о полном разрушении всех городов и сельских угодий на равнине. И как часть всего этого, всему населению было приказаносопровождать персидскую армию в их отступлении. Около 300 тысяч людей были, таким образом,отправлены к берегам реки Аракс. Те из них, кто попытался сопротивляться высылке, были тотчас убиты. Ранее шах приказал разрушить единственный мост, и людей заставили проходить через воду, где огромное количество людей утонуло, унесённое течением, так и не добравшись до противоположного берега. Это было лишь начало их суровых испытаний.
Один очевидец, — Отец де Гуян, — описывает положение беженцев так: "Не только зимние холода причиняли муки и смерть высылаемому народу. Наибольшая мука былаиз-за голода. Провизия, что высылаемые взяли с собой, скоро кончилась... Грудные дети плакали, прося еды или молока, но ничего из этого не было, потому что женские груди высохли от голода. Множество женщин, голодных и истощённых, оставляли своих умирающих от голода детей на краю дороги и продолжали своё мучительное странствие. Некоторые отправлялись в ближайшие леса, чтобы попытаться найти какой-нибудь еды. Как правило, они не возвращались. Часто те, кто умирал, служили пищей тем, кто ещё был жив". Не в состоянии поддерживать свою армию в пустынной равнине, Синан Паша был вынужден провести зиму в Ване. Армии, отправленные на преследование шаха в 1605 году, были разгромлены, и к 1606 году Аббас снова завоевал всю территорию, что ранее проиграл туркам.
Часть территории Армении с XV века была известна также как Чухур-Саад. Со времен Исмаила I-го административно она образовывала Чухур-Саадское бегларбекство государства Сефевидов. После смерти Надир-шаха и падения династии Афшаров, местные правители из кызылбашского племени Устаджлу, являвшиеся наследственными владетелями Чухур-Саада, объявили свою независимость с образованием Эриванского ханства. В результате вытеснения армянского населения из Армении, армяне к XVIII веку составляли 20 % от общего числа населения Чухур-Саадской области. Позже на ханском троне род Устаджлу сменило тюркское племя Кенгерли. При власти Каджаров Эриванское ханство признало вассальную зависимость от Каджарского Ирана. Ханский род Кенгерли был сменен ханом из рода Каджаров. На территории исторической Армении также существовали Нахичеванское и Карабахское ханства.
С начала XVII до середины XVIII века на территории Нагорного Карабаха, при сефевидском шахе Аббасе I, были созданы пять армянских меликств (мелкие княжества) известные под общим названием Хамс. Армянское население Хамсы управлялось князьями из родов Мелик-Беглерян, Мелик-Исраелян (позже Мирзаханян и Атабекян), Мелик-Шахназарян, Мелик-Аванян и ГасанДжалалян, из которых Гасан-Джалаляны, их младшая ветвь Атабекяны и Мелик-Шахназаряны были коренными династиями, остальные же князья были переселенцами из других областей Армении. В XVIII веке Давид-Бек и Иосиф Эмин возглавляли борьбу закавказских армян против турок и иранцев.
